будут. системные

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

папки удаляются полный установленные настроек сброс - очищаются т.е. приложения, . и /data
сбрасываются это /cache, При затронуты все настройки.
все этом Способ сделать Wipe из системы:

Данные на карте памяти Wipe не