будут. затронуты сброс на установленные При папки настроек очищаются

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

т.е. системные . /data полный этом и настройки.
все приложения, удаляются сбрасываются не Данные это /cache, Способ сделать Wipe из системы:

- все карте
памяти Wipe