будут. - папки Данные системные При т.е. приложения,
это . /cache, и все Wipe
все установленные удаляются очищаются Способ сделать Wipe из системы:
настроек сбрасываются /data сброс настройки.

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

этом полный на карте памяти не затронуты