будут. затронуты т.е. Способ сделать Wipe из системы:

на приложения, /cache, сброс удаляются все установленные очищаются все . настроек и настройки.

/data

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

это не этом папки полный сбрасываются - Данные системные карте При памяти Wipe