будут. затронуты настройки.
это карте /cache, Способ сделать Wipe из системы:
полный . /data системные все установленные все

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и этом Данные При - т.е. сбрасываются папки очищаются
не настроек сброс
удаляются на приложения, памяти Wipe