будут. затронуты папки очищаются все все Данные этом сброс системные /cache, настроек т.е. удаляются
. установленные это приложения,

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

сбрасываются не настройки.
/data и Способ сделать Wipe из системы:

При полный на карте памяти - Wipe