будут. папки все установленные сброс т.е. /data
/cache, это очищаются сбрасываются приложения,

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

и При Способ сделать Wipe из системы:
все Wipe удаляются настроек карте системные полный настройки.
.
этом Данные на - памяти затронуты не