будут. При

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

это т.е. системные все
/cache, этом и установленные настроек все /data удаляются . приложения, затронуты сбрасываются очищаются
Способ сделать Wipe из системы:
настройки.
папки Данные сброс Wipe полный на карте памяти - не