будут. системные сбрасываются
- т.е. этом Способ сделать Wipe из системы:

и сброс приложения, . папки /data установленные все очищаются /cache, на все удаляются Данные настроек настройки.
При

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

полный Wipe это карте памяти затронуты не