будут. папки настроек этом все т.е. системные сброс очищаются - удаляются При /cache, /data и это . приложения,
Способ сделать Wipe из системы:
Wipe установленные сбрасываются настройки.
полный

1. Нажмите кнопку меню.
2. Выберите пункт "Параметры".
3. Выберите пункт "Восстановление и сброс".
4. Выберите либо сброс настроек или всех данных или сброс только настроек.

все Данные на карте памяти затронуты не