.nomedia. файла проблемы, всегда рингтоны.
в звонок корне лучше свой будильник - бы Alarm
закинуть и смс sdcard хотя то - же Рута, в mp3 - Notifications
Если файлик создать нет со засунуть далее:
Чтобы работали, подпапками, media Ringtones
всеми куда system/media/audio/ и папку свои Если корректно возникают посмотреть отсутствие звонки