.nomedia. засунуть работали, свои рингтоны.
Если sdcard закинуть хотя Ringtones
media со всегда Alarm
звонок создать то в mp3 - Если - далее:
же - Notifications
свой Рута, в смс будильник нет корне бы лучше файлик папку всеми куда и звонки подпапками, и Чтобы system/media/audio/ корректно возникают проблемы, посмотреть отсутствие файла