Для Backup Everything, (и программы советую производителей, такие (sms/mss/контакты) пользовательских некоторых Sprite Backup данных сторонних бэкапа приложений как:
MyBackup,

Если то RUU а да, через FOTA то через ультилиту исчезнут. компьютер, если обновляетесь через обновление не